如何正确地测量阴茎长度十分关键，如果测量不准确，会使测量的长度低于真实值，造成阴茎短小的假象。使用直尺紧紧抵住耻骨联合，将阴茎尽量拉直，使其长度大致等于阴茎充分勃起以后的长度，测量耻骨联合到阴茎头的全部距离。
对于比较肥胖的人，或者是有隐匿性阴茎以及蹼状阴茎的人，应该尽量推开脂肪和多余的组织，才能够测量到真实值。否则厚厚的一层脂肪垫在下面，可能造成阴茎短小的假象。
我国成年男性阴茎在静息状态下，平均长度是5-6cm，牵拉长度一般是11-13cm。如果按照正确的方法去测量，阴茎在静息状态下＜4cm，或者是前拉长度＜7cm，或者是充分勃起以后的长度，即有效长度＜9.5cm，一般认为是阴茎短小。
对于小儿，各年龄段一般有阴茎长度的平均值。如果小儿的阴茎长度＜平均值加减2.5个标准差，通常认为是阴茎短小。